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干细胞表面分子Claudin6的结构预测与分析
Structure Analysis of Pluripotent Stem Cell Surface Marker Claudin6

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DOI:
作者:
范书玥，张慧俊，曾凡一
FAN Shuyue, ZHANG Huijun, ZENG Fanyi
作者单位:
上海交通大学医学院医学科学研究院发育生物学研究室
Department of Development Biology, Institute of Medical Science, Shanghai Jiaotong University School of Medicine, Shanghai 200025, China
关键词:
干细胞表面分子Claudin6（Cldn6）；跨膜结构域；远程同源建模；再生医学
Pluripotent stem cell surface marker Claudin6 (Cldn6); Transmembrane domains; Remote homology modeling; Regenerative medicine
摘要:
目的　运用多种手段对干细胞表面分子Claudin6（Cldn6）进行理化性质和各级结构的预测与分析，探讨Cldn6结构与功能的关系，为Cldn6在再生医学和转化医学上的应用提供理论基础。方法　采用ProtParam tool、InterProScan和TMpred工具分析蛋白质一级结构，使用Consensus Secondary Structure Prediction工具对蛋白质二级结构进行预测，通过RaptorX远程同源建模工具预测蛋白质三级结构。结果　Cldn6是由219个氨基酸组成的蛋白质，相对分子量23387.7，含有4个跨膜结构域，N末端和C末端均位于细胞浆中；二级结构预测结果显示其以α-螺旋和无规则卷曲为主要构件。结论　通过远程同源建模构建了Cldn6蛋白的空间结构，为进一步深入研究Cldn6的功能实现再生医学替代治疗奠定了基础。
Objective　To apply various means to predict and analyze the physical properties, chemical properties and protein structures of stem cell surface molecules Claudin6 (Cldn6), and to explore the relationship between its structure and functions, which will help lay the theoretical foundation for application of Cldn6 on regenerative medicine and translational medicine. Methods　The primary structure of Cldn6 was analyzed by the ProtParam tool, InterProScan and TMpred. And we performed the secondary structure prediction by using Consensus Secondary Structure Prediction Tool. Finally, by using the RaptorX, a remote homology modeling tool, we predicted its tertiary structure. Results　The results show that Cldn6 is a protein composed of 219 amino acids (relative molecular weight: 23387.7). Cldn6 contains 4 transmembrane domains, with the N-terminus and the C-terminus both in the cytoplasm. The predicted secondary structure indicates that α-helix and irregular folds are the major structures of Cldn6. Conclusions　The spatial structure built by remote homology modeling will lay the foundation for further study on functions of Cldn6 to achieve the replacement therapy by regenerative medicine.

 

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